Az előadásokon elhangzott anyag (a fejezetszámok a Böckenhauer-Bongartz
könyvre vonatkoznak)
(Az alábbi durva vázlat segíti a felkészülést, de vizsgára
azt kell tudni, ami az órán elhangzott. Ez nem
egyezik meg teljesen a könyv anyagának egy részhalmazával.)
Biológiai bevezető
Fehérjék, nukleinsavak, az öröklődés mechanizmusa, kísérleti technikák
(2. fejezet)
Mintaillesztés
Alapfeladat (4.1), mintaillesztés véges automatával (4.2),
Booyer-Moore algoritmus (4.3 kis kiegészítéssel), szuffix-fák (4.4) és
alkalmazásaik (4.5), szuffix-tömbök (4.6, de nem teljes részletességgel)
Szekvenciaillesztés
Alapfeladat (5.1.1), két szó globális (5.1.2), lokális és
szemiglobális illesztése (5.1.3.), általánosabb büntetőfüggvények
(5.1.4), pici mese a büntetőfv meghatározásáról és a heurisztikákról
(5.1.4 és 5.2)
Többszörös illesztés (5.3)
Markertérkép készítése, töredékek sorbarendezése
Mire kell ez az egész? (6. fejezet)
Restrikciós enzimekkel (7.1), hibridizációval (7.2 bevezetője,7.2.1, 7.2.2)
DNS szekventálás
Alapfeladat (8. fejezet bevezetője, 8.1 bevezetője), legrövidebb közös
szuperszó (8.1.2)
Blokkátrendeződés
Előjel nélküli permutációk rendezése (10.2). Blokkátrendeződés kromoszómákon:
szintenikus távolság (10.4).
Evolúciós fák
Ultrametrikus távolság és fák (11.1). Additív fák (11.2). Tökéletes
evolúciós fák bináris tulajdonságokkal (11.3). Haplotípusok evolúciós fája
genotípusok alapján (12.1).
Protein interakciós hálózatok
Súlyozott k hosszú utak keresése. Színkódolás. Az alábbi cikkek
alapján:
Alon-Yuster-Zwick:
Color-coding (Section 3-4)
Scott-Ideker-Karp-Sharan:
Efficient ALgorithms for Detecting Signaling Pathways in Protein Interaction
Networks (Section 1-2)
RNS térszerkezet-előrejelzés
Nussinov és Zuker algoritmusa (13.1.1), sztochasztikus CF nyelvtanok (13.1.2)